2016年8月29日(1)
BHHLYP/6-311+G(d,p)レベルで構造最適化した+6価のベンゼンです．ご査収ください．
- 図：+6価のベンゼンの構造．数字は結合長(Å)．
このくらい変な分子になってくると汎関数によって構造が大きく変わってきたり，収束しなかったり．
というわけで年末になってしましました．計算もやり散らかしてデータがまとまってないのがいくつかあるのですが，これどうしましょうかね．低IFの雑誌くらいなら通らないかなとか思いつつこのままお蔵入りしそうな．
54年ぶりの11月の雪の裏側では東電の予備率が3%になっていたとか．綱渡りですね．
今年も秋が行方不明なまま冬に突入．
GAMESSが遅い件はコンパイルの設定が以前と違っていただけという罠でした．
早速GAMESS 2016 R1をコンパイルしたのですが，当社比1.5倍計算が遅くなっていてつらい．
GAMESS 2016 R1がリリースされたようです．が，Chenge logが見当たらないので何が変わったか不明という．
Firefly 8.2.0がリリースされました．RI-MP2のエネルギー計算が入ったり，Bohr半径の値が微妙に変わったりしているようです．
Intel MPI 5.1（update 3）が使えるワークステーションでSMASHをコンパイルしてOpenMPI 1.8.8（ifort, iccでコンパイル）とどちらが速いかを比べてみたんですが，ほとんど同じ実行速度というつまらない結果になりました．
BHHLYP/6-311+G(d,p)レベルで構造最適化した+6価のベンゼンです．ご査収ください．
このくらい変な分子になってくると汎関数によって構造が大きく変わってきたり，収束しなかったり．
SMASH 2.0とPSI4 1.0がリリースされてました．というか，PSI4 1.0ってどういう意図のバージョン表記なんでしょう．
ちなみにPSI4は相対論のX2Cが入ったので基底関数を用意すれば高周期元素もいけます．
書いた日: 2016年6月27日
気がついたらTop500が更新されてました．
1位が中国製のCPUを使ったマシンらしいですが，CPUの演算能力のわりにメモリが少ないという構成．実アプリでは使いにくそうな気配が漂いますが，CPU開発と製造で金を使い果たしてメモリにお金を出す余裕がなかったのでしょうか．
移民問題とか諸外国の民族意識問題で戦争前のような雰囲気が漂う中，安倍首相たたきに盛り上がっている皆さんお元気ですか．
書いた日: 2016年5月17日
というわけで，フェニルアラニンの鏡像異性体の構造最適化（OPTTOL=1D-6）をMP2/TZV(2df,2p)レベルでもやってみたところ，全電子エネルギーはD体で-553.7423256956 a.u.，L体で-553.7423256779 a.u.となりました．MP2に比べるとPBE38-D3(BJ,3c)のほうがエネルギー差が大きくなってしまっていますが，おそらく積分等の数値計算誤差がDFTのほうが大きいためでしょう．
書いた日: 2016年5月13日
MP2だとアラニンの鏡像異性体がほぼ同じエネルギーとなることがわかりましたが，他の方法ではどうでしょう．ということで，ad hocなパラメータを含むPBE38-D3(BJ,3c)でフェニルアラニンの鏡像異性体の構造最適化を試してみました．
Firefly 8.1.1を使ってPBE38-D3(BJ,3c)/TZV(2d,p)レベルで構造最適化（OPTTOL=1D-6）を行ったところ，全電子エネルギーはD体で-554.4056739241 a.u.，L体で-554.4056725504 a.u.となり，MP2の場合よりも誤差が大きくなりました．ただし，分子サイズのせいか，ad hocな補正のせいかは不明．
書いた日: 2016年5月8日
アミノ酸のD体，L体などの鏡像異性体は同じエネルギーを有している，ということになっているが，確認したことがなかったので，試しにアラニンの構造最適化を行って比較してみた．
Firefly 8.1.1を使ってMP2/TZV(2df,2p)レベルで構造最適化（OPTTOL=1D-6）を行ったところ，全電子エネルギーはD体で-323.1867184127 a.u.，L体で-323.1867183832 a.u.とほぼ同じになり，同じエネルギーを有していることが確認できた．
ちなみにWinmostarの鏡像体生成機能を初めて使った．
書いた日: 2016年4月29日
ハロゲン結合の計算，少し調べてみたところベンチマークの論文があった．しかもオープンアクセス．
これによるとM06-2XかωB97X-Dが良さそうだが，GAMESSは計算遅いし，ORCAもhybrid汎関数はさほど速くないので，PBE0でHF交換を40-50%に増やしてFireflyで計算するのが実用的か．
ハロゲン結合の計算をやっているのだが，小さな虚数振動がなかなか消えない．
熊本の地震，すごいことになっていますね．阿蘇周辺なので火山灰土なのも関係あるのでしょうか．建物も一度目の揺れには耐えられても二度目には耐えられないことがあるのは今後あるであろう地震の際に活かしたいですね．
過去最大級の悩みが発生．
計算用に使っていたK国S社製SSDが半年もたたずに死んだ．ちなみに計算用に使っていてたSSDが死んだのは初．
書いた日: 2016年2月11日
@homepageが9月で終了のためサイトを移行しました．ついでにいろいろ変更したり削除したりしています．
書いた日: 2016年2月1日
本Webサイトをおいている@niftyの@homepageサービスが2016年9月29日(木)15時をもってサービス終了とのこと．というわけで，不可避的にURLが変わります．現在，移行準備中です．
なお，トップページからリンクしていない一部コンテンツや古いCPUベンチの記事はこの機会に削除の予定．
2015年中にどうにか1本くらいは記事を書こうかと思っていましたが，結局間に合わずに年明けになってしまいました．
本年もよろしくお願いします．