CC Notes

2014年12月24日(1)

いつの間にかORCA 3.0.3がリリースされてました.バグフィックスのみのようです.

2014年11月24日(1)

そう言えばスパコンのTop500の新しいリストが公開されましたが,あまり変化がなくていまいち面白くない.

2014年11月13日(1)

肩がぶつかると120名くらいで家宅捜索される時代,いかがお過ごしでしょうか.

HTML5 Recommendation

書いた日: 2014年10月29日

というわけで,HTML5がW3C Recommendationになりました.

2014年10月10日(1)

晴れの特異日10月10日は晴れましたが,新しい体育の日は台風で雨っぽいですね…….

NWChem 6.5リリース

書いた日: 2014年9月10日

TDDFT,COSMOの解析的グラジエント,SMD溶媒モデル,XDM分散力補正,SCS-MP2/CCSD,VEMモデルなど,色々と新機能が入っています.

構造最適化の速い量子化学計算ソフトは?

書いた日: 2014年9月6日

というわけで,できるだけデフォルトに近い設定で酢酸ベンジルの構造最適化を行ってみました.Xeon E5 2660 v2×2で12コアを使用,計算レベルはB3LYP/6-31G(d)です.VWN汎関数のバージョンの違いや,各ソフトの積分グリッドや収束条件の違いは無視で,Cartesian座標で最適化にならないように設定してます.ソースで配布されているものは基本的にはIntelコンパイラとMKLを使うようにしていますが,NWChemとGAMESSのC部分はGCCです.

Firefly,ORCAがほぼ同着で最速という結果に.GAMESSはStep数がかかり過ぎですね.謎です.

笹井副センタ―長死去

書いた日: 2014年8月16日

STAP論文の件で責任を追求されていた笹井氏が死去しました.まずはご冥福をお祈り申し上げます.

しかしながら,これをきっかけに真相解明の手を緩めると,捏造が発覚した場合は自殺すれば有耶無耶にできるという大変良くない風潮が生じる可能性があります.今後も不正論文がpublishされるまでの全容解明,関係者の責任追求と処罰等を着々と進めるべきでしょう.

Source Han Sansフォント

書いた日: 2014年7月16日

Adobe,Googleで共同で開発していた,日中韓の文字に対応したフォントが発表されました.GoogleからのものはNoto Sansという名前になっています.

複数のウエイトがあり,使い勝手は良さそうなフォントです.

STAP細胞:若山教授会見

書いた日: 2014年6月15日

STAP細胞関連論文の著者の一人である,山梨大の若山教授が昨日記者会見を行ったようです.会見では各種報道にある通り,保存していたサンプルの調査結果が,STAP細胞の存在についてネガティブであったことが述べられていますが,STAP細胞については絶対に存在しないとは言えない,としています.

この「絶対に存在しないとはいえない」というのは,お茶を濁しているわけではなく,存在しないことを証明するのは通常不可能だから存在しないと断言できない,という意味で,研究者としての誠実さが伺えます.

小保方氏や笹井氏の会見に比べて,根拠となるデータを提出しており,比較的率直に報道陣の質問に答えており,疑惑が生じた際に研究者がとるべき対応の見本とも言えます.他の二人は証拠も出さないし,質問しても自説を繰り返すだけで大変見苦しい.

誠実に対応したからと言って免責されるわけではないとは思いますが,若山教授については運が悪かったというのもある気がしますね.

三菱マテリアル四日市工場爆発事故調査報告書

書いた日: 2014年6月15日

1月頭に三菱マテリアルの四日市工場で起きた,シリコン製造設備の爆発事故についての報告書が出ています.結果として,1月という寒い時期に温調せずに加水分解作業を行ったのがまずかったようです.本報告書では,これまでよくわかっていなかった析出物の素性についてもある程度詳しく調査をしており参考になります.

また,本報告書では熱力学計算を行うために量子化学計算を用いています.あまり知られていませんが,量子化学計算は工業レベルでの製造における安全確保に必要不可欠なもので,例えば,G2法は反応エントロピー変化を正確に見積もって安全を確保するために開発されました.

STAPその後

書いた日: 2014年5月8日

STAP現象についての論文は不正と判断されたようです.小保方さんは真当な証拠を出すという,論文の内容が本当なら簡単なことすらできなかったようです.また,報告書内ではScience誌に投稿した際に電気泳動写真について査読者から真正なデータの提示方法を行うように指摘されていたと書かれています.小保方さんはCorresponding Author(責任著者)ですので,この査読結果に目を通していないという事はあり得ず,単なる勘違いとか忙しかったなどという言い逃れはかなり苦しくなったと思います.

2014年5月7日(1)

ゴールデンウィークに不規則な生活をしていたため,平日がつらい.

ORCA 3.0.2リリース

書いた日: 2014年5月5日

気がついたら5月ですが,ORCA 3.0.2がリリースされました.基本的にバグフィックスリリースらしいですが,マニュアルを読んでいたらma-def2-XVP基底関数やSMD溶媒モデルが追加されているようです.

2014年4月6日(1)

というわけで,4月になってしまいました.

STAP細胞の件はかなりグダグダな感じですが,個人的には簡単に悪意があったという認定をすると面倒な目に合うという前例になるのはいいと思いますね.大学とか国研はいろいろ適当すぎますから.

2014年3月12日(1)

STAP細胞は,あの操作で誘導されたか選別された幹細胞が得られるのかもしれませんが,根拠となっているデータは,現在出回っている画像を見る限りはほぼ黒ですね…….

ただ個人的には,小保方氏の博士論文に剽窃がたくさん含まれていたり,そもそも科学論文の体をなしていないということのほうが衝撃的です.いったい小保方氏の指導教員や博士論文の主査・副査は何をしていたのでしょう.剽窃はともかくとして,論文として形が整っていないというのはいくらなんでも気づけるはずです.あの人の周りにまともに指導してくれる教員は居なかったのでしょうか.

まだ若いし,まともな教員の元で指導を受けて再度頑張って欲しいところです.幸い,知り合いに若山先生のようなまともな先生もいるわけですし.指導する方は大変だと思いますが,いろいろ.

関東で大雪その2

書いた日: 2014年2月15日

2週続けて大雪です.今週も雪かきをしましたが,先週ほど筋肉痛にはなりませんでした.

そして18,19日はまたもや雪らしい…….

関東で大雪

書いた日: 2014年2月9日

ベランダの定点測定では昨日は30cmくらい雪が積もりましたが,今朝起きたら15cmくらいまで溶けてました.これからしばらくは道路がアイスバーン化して危険ですね,これは.

半経験的手法の罠

書いた日: 2014年1月18日

最近は半経験的分子軌道法 (SEMO) でも金属錯体が計算できるようになっていますが,実際に計算してみるといろいろと罠があります.例えば,ごく簡単なtrans-ビス(ピリジン)パラジウムジクロリドの構造最適化では,PM7ではC-N結合がPdに配位した構造になってします.一方,PM6ではDFT (PBE-D3(BJ)/def2-SVP) と同様にNのみで配位した構造になります (図1).

図1:DFTまたはSEMO法によるtrans-ビス(ピリジン)パラジウムジクロリドの構造.

また,ここでは構造は示しませんが,フェロセンの場合はPM7がDFTと同様なCP環が平行な構造になり,PM6ではCP環が斜めになります.

SEMO法で遷移金属錯体を扱う際はまだまだ注意しないといけないようです.

2014年1月8日(1)

変な話だけど,計算化学の論文で捏造とかあるのかな.再現実験ならぬ再現計算が簡単なものも多いけど,そんなものする人なんてほとんどいないだろうし.

更新情報

書いた日: 2014年1月5日

1年ぶりに新しい記事を公開しました.計算済みでデータだけなら公開可能なものは他にもあるのですが,文章化していないのでそれはまたの連休にでも.

Firefly 8.0.1

書いた日: 2014年1月2日

新年早々Fireflyのマイナーアップデートが来ています.

MCQDPTとXMCQDPT2で大きな分子が扱えるようになったほか,バグフィックスと性能向上があるようです.

謹賀新年

書いた日: 2014年1月1日

あけましておめでとうございます.本年もよろしくおねがいします.

1年に少なくとも1報論文を……というわけではありませんが,とりあえず,この正月休みの間に計算化学の記事一本くらいはアップできそうな感じです.