CC Notes

2013年12月11日(1)

部屋のカレンダーが未だ8月でした.という程度には忙しい.

イオン性結合と(mata-)GGA

書いた日: 2013年11月13日

イオン性の強い結合がある化合物を(meta-)GGAで計算してたら変な結果に…….やはりGrimmeらの言う通り( Phys. Chem. Chem. Phys. 2012,14, 4875-4883),hybrid GGAで計算しないといけないのか.

Karplus教授らがノーベル化学賞を受賞

書いた日: 2013年10月13日

しばらく出かけていたので,出遅れましたが,Karplus教授らがQM/MM法の開発でノーベル化学賞を受賞しました.有機化学でKarplusと言ったらNMRのあの人ですが,まさにその人です.分子を複数の理論で扱ったり,領域に分けて計算する方法としては他にONIOM法やフラグメント分子軌道法,分割統治法などがありますが,その先駆けとなる研究で受賞されました.

ORCA 3.0.0リリース

書いた日: 2013年9月28日

ドイツ人のsoonとは一体何なのかという感じですが,ようやくORCA 3.0.0がリリースされました.色々と機能が追加されているようです.DFT-gCP-D3やHF-3cのような大分子向けの小さい基底関数でも精度をどうにかする手法も入っています.

Firefly 8.0.0リリース

書いた日: 2013年9月9日

というわけで,長いベータテスト期間を経てFirefly 8.0.0がリリースされました.ベータ版はFirefly 7系のライセンスで使えましたが,正式版からは再度メールにて申請する必要があります.

本バージョンから多少まともなマニュアルが付属しています.

2013年8月23日(2)

研究というものは,どういう位置づけなのか,どういう意味があるのかを理解していないとただの作業.体験を通して勉強したつもりになっていても,直接的なものしか役に立たない.

2013年8月23日(1)

お盆休み中に記事のひとつでも書こうかと思っていたけど,未だに計算すら終わっていない罠.

2013年8月17日(1)

計算走らせてから出掛けて,帰ってきてエラーで落ちていた時のガッカリ感.

2013年8月5日(2)

反語なんて揚げ足取りには最適ですよね.

2013年8月5日(1)

あっという間に7月が終わってしまって大変戦慄している.

2013年7月14日(1)

都市化と地球温暖化のダブルパンチで尋常じゃない暑さの東京ですが,スーツにネクタイで行動しているヒトがいて見ているだけで暑苦しいのでどうにかしてほしい.

GGA汎関数でのTD-DFT構造最適化の精度はどれくらい

書いた日: 2013年6月7日

GGA汎関数はDFやRIによってhybrid汎関数よりも高速に計算することができますが,TD-DFTでUV-vis吸収スペクトルの波長を計算する際にGGA汎関数を使うと実測値よりも長波長な値を与えることが多いです.では,GGA汎関数で励起状態の構造最適化を行った場合の精度は如何程なのでしょうか.

というわけで,実際に計算してみました.分子はビフェニルで,構造のリファレンスはTD-DFT/TDA-revPBE38/def2-TZVPPとし,実際の計算で便利なTD-DFT/TDA-GGA/def2-SVPレベルでS1状態の構造最適化を行いました(ORCA 2.9.1を使用).結論としては,GGA汎関数(BP86, BLYP, OLYP, PBE, revPBE)は hybrid汎関数とほぼ同じ励起状態構造を与えました.

RMSDはBP86で0.050, BLYPで0.058, OLYPで0.051, PBEで0.048, revPBEで0.058とほぼ同じ小さな値で,励起状態でビフェニルが平面構造と取るというのもきちんと再現されています.

電荷移動が大きな分子でも試してみたいところですが,GGA汎関数も励起状態の構造最適化に使えそうです.

2013年6月5日(1)

完全に見落としてましたが,GAMESSとNWChemの新バージョンがリリースされてますね.そろそろORCAも新バージョンが出るはずですが…….

2013年5月23日(1)

有名な先生の下で,言われたとおりに研究するのはやばい.

2013年5月11日(1)

GNOMEはver 3から中途半端なMacのパクリになって大変イマイチなのですが,変えるのも面倒でだらだら使い続けてました.がしかし,ついにカッとなってXfceにデスクトップ環境を変えました.なんというか,CDEからの伝統的Unix環境っぽくて良い感じです.

PSI4.0 beta 4を使ってみた

書いた日: 2013年4月15日

計算速度的にはFirefly 8以上ORCA 2.9以下と言ったところ.有機分子のエネルギー計算とか軌道関係の計算には使いやすそう.特にLRC汎関数でのIP Fittingが簡単にできるので,HOMO-LUMOギャップの計算には最適かも.あと,CC系はもちろんのこと,Orbital-Optimized MPnが色々入っているのでエネルギー計算にも強そう.なお,ECPも相対論法も使えないので,遷移金属錯体とかには向かない.

PSI4.0 beta 4

書いた日: 2013年4月8日

量子化学計算ソフトのPSI4のpublic beta版がリリースされました.まだコンパイルできてませんが,CC2やADC(2),SAPTなどが入っているのでGAMESSやORCAとはまた違った計算ができそうです.

2013年3月6日(1)

この冬は記録的な降雪量だったりして,寒冬だったという判断になりそうですが,夏と冬が極端になるってのも地球温暖化で起こりうることに入っていますね.

誰が計算をするべきか

書いた日: 2013年2月14日

記事の例は極端なような気もしますが,計算もやる実験屋から言うと,反応機構については実験でも真面目にやれば結構いろいろなことが分かるので,そのへんのパラメータと計算がきちんと合っていることを精査すれば問題が起きないのではとしか.まあ,そこまで真面目に研究すると,論文にするのに計算の必要性があまりなくなってしまうという罠もありますが.

それはさておき,実際のところ,実験屋(特に有機系の人)が理論を知らなすぎたり,計算屋に実験の感覚(数値のオーダーとか,構造とか)がなさすぎたりしていかんともしがたい.大御所の先生なら遷移状態の構造を見てツッコミを入れるくらいであって欲しいところですが,きっと丸投げ状態だったのでしょう.そして,反応機構なんて合成系の研究やっている人しか馴染みがないし,直感も働かないしで計算屋の妥当性検証もなおざりになってしまうと.実験(反応)のほうが理論(計算)より混沌としているので,実験屋が計算を真面目に勉強して計算屋にツッコミを入れるのが一番確実な気がします.

2013年2月7日(1)

天候が悪いと予測されてる時に,普通に列車走らせてて万が一何かあると捜査が入ったり送検されたりする以上,客に何言われようが減便したりとか分かりやすい対策が必要.日本人はもっと余裕を持つべき.

新しい記事を複数公開しました

書いた日: 2013年1月5日

喪中のため引きこもってたら,ページ数が増えました.やはり暇は最高のドライビングフォースです.

新年

書いた日: 2013年1月1日

以前一瞬だけ公開して引っ込めた記事を改稿して公開しました.今回は珍しくベンチではありません.今年もよろしくおねがいします.